日本認知科学会では、前年度発表された『認知科学』の掲載論文のうち，研究論文・展望論文・短報論文・資料論文を対象として，厳正な審査に基づいて学会賞を授与しています。分野を考慮して選出された審査委員に斬新性／革新性・完成性・異分野対話性の三つの観点に基づく評価を依頼し，一次選考，二次選考，さらに最終選考委員会での議論を経て受賞論文を決定しています．学会賞には，論文賞（Best Paper Award），奨励論文賞（Incentive Paper Award），特別賞（Special Paper Award）があります．